Environ onze espèces de poissons endémiques de la Macaronésie sont répertoriées. On ne les trouve donc que dans la zone économique exclusive de Madère, des Açores et des archipels des Canaries. C’est pour cette raison que la plupart se demande si les îles du Cap Vert appartiennent à la région de Macaronésie, car il y a beaucoup d'espèces plus semblables à l'Afrique tropicale continentale qu'aux trois autres archipels.

En effet, on remarque au total 550 espèces de poissons de mer autour de Madère. La  principale raison réside dans la distance considérable de l'archipel de Madère par rapport au continent. De ce fait, peu d'espèces utilisent ce riche habitat comme leur propre habitat. Prenons par exemple les poissons de la famille des Sparidae, bien connus sous le nom de « Daurades » : aux Açores, l'archipel le plus éloigné du continent, il n'y a que 7 espèces de cette famille, alors qu'à Madère, il y en a 15 et aux Canaries, archipel le plus proche du continent, il y en a 24 espèces.

Voici une liste des principales espèces que l'on peut voir à Madère en plongée sous-marine dans ses eaux cristallines et quelques informations qui peuvent être utiles pour identifier chaque espèce :   

Rayons du diable, Manta Ray ou Manta birostris, visibles avec une profondeur de 3 à 30 mètres sous mer.

Rayons d'aigle ou Myliobatis aquila, avec une profondeur de 5 à 30 mètres sous mer.

Rayons, papillon Rayon papillon Gymnura altavela, avec une profondeur de 5 à 30 mètres.

Rayons Electiques Marbrés Rayons, Electiques ou Torpedo Marmorata, visibles de 3 à 30 mètres de profondeur sous mer.

Patins, Madeiran Ray ou  Raja madeirensis, avec une profondeur de 5 à 30 mètres sous mer.

Poisson Lézard, Vert ou Synodus saurus, visible de 7 à 30 m de profondeur.

Anguille, sorcière Sang pointu ou sorcière Faciolella oxyrhyncha, visible de 5 à 30 mètres de profondeur.

Morue ou Forkbeard mostelle avec une profondeur de 8 à 30 mètres sous mer.

Harengs, Sardinelles dorées ou  Sardinella aurita, qu’on peut voir à la lumière du jour.

Barracuda, Sphyraena viridensis à rayures, de 5 à 30 mètres de profondeur.

Mérou, peigne Mérou Mycteroperca fusca, avec une profondeur de 10 à 30 mètres sous mer.

Brèmes, Brème bicolore ou Diplodus vulgaris, de 3 à 30 mètres de profondeur.

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